Компании дважды начислили НДФЛ – по платежкам-02 и по 6-НДФЛ

Бухгалтер уплатил НДФЛ по сроку 28.04, 28.05, 28.06 платежками со статусом 02, а потом сдал расчет 6-НДФЛ. Налоговики сначала провели начисление по платежкам-уведомлениям, а потом по 6-НДФЛ. В итоге получился двойной налог.